Учёный совет СПбНЦ РАН является постоянно действующим выборным органом, в задачу которого входит решение стратегических вопросов развития организации, в том числе, в части координации научных исследований в различных областях фундаментальных наук, выполняемых научными организациями региона. Важным аспектом деятельности Учёного совета является представление обзорных докладов по результатам наиболее актуальных исследований. В состав Учёного совета входят сотрудники СПбНЦ РАН, занимающие высшие административные должности и другие ведущие учёные – в порядке избрания.