Первоначально в состав организованного в 1979 году Междуведомственного координационного совета (МКС), а с 1983 года и Ленинградского научного центра (ЛНЦ) АН СССР в разное время входило 17 научных советов по различным направлениям фундаментальных и прикладных наук. Каждый совет осуществлял координирующие функции в отношении деятельности в целом нескольких сотен академических и отраслевых институтов, а также высших учебных заведений Ленинграда и Северо-западного региона. В этот период не было необходимости организации в рамках Центра отдельного научного подразделения. Реорганизация ЛНЦ в 1991-1992 годах предусматривала сосредоточение его работы на междисциплинарных исследованиях. Таким образом, созданный на базе МКС Междисциплинарный координационный совет вошёл в состав Санкт-Петербургского научного центра Российской академии наук. Совет, первоначально включавший пять Объединённых научных советов (в состав которых входили специализированные советы), в период начавшейся реформы РАН в 2013 году был реорганизован в Научно-исследовательский отдел. Более подробная информация содержится на странице История СПбНЦ РАН.
В разделе «Научно-исследовательский отдел» приводится информация о целях и задачах отдела, его сотрудниках и деятельности Объединённых научных советов. В настоящее время в штатный состав Научно-исследовательского отдела входят: Группа по связям с общественностью и Сектор междисциплинарных исследований.